EvoGrid项目-软件模拟生命起源



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Space.com的报道
参考消息上的中文报道

【阿根廷《21世纪趋势》周刊网站2009年7月11日报道】题:科学家用计算机模拟解答地球生命起源之谜(记者亚伊萨·马丁内斯)
    目前的理论认为,生命起源于富合化学物质的海洋(科学家称之为"原始汤"),可能在阳光的参与下通过某种机制使简单的化学物质变成更为复杂的存在形式。然而,地球生命起源之谜至令仍未被彻底解开。
    现在,一个国际科研小组希望通过信息化手段模拟"原始汤",以此揭示44亿年前发生的变化。
    这项名为"进化技术网格"(EvoGrid)的计算机模拟软件就是数字版的"原始汤"。美国太空网的消息称,参与这项实验的包括曾经为美国航天局设计过太空行走立体模拟实验的布鲁斯·戴默。
    在荷兰格罗宁根大学研制的分子动力学模拟器的基础上,戴默和设计师彼得·纽曼开发出了"进化技术网格",通过具有特定物理性质的虚拟粒子及其相对应的活动形式来模拟地球生命起源。戴默称,他们的设想是制作一个与地球原始海洋一模一样的"宇宙玩具"模型。
    "进化技术网格"首先导入各种粒子特性作为起始参数,营造出一个类似生命即将出现时的地球状态的人工自然环境。各种特性输入完毕后,软件将独立进行模拟演示,"大自然"将开始它的进化之旅。
    接着,各种粒子之间互相反应并产生联系,有望从最基本的元素开始,得到比此前各种实验出现的结果更为复杂的生命形态。
    为了探寻各种可能性.戴默为"进化技术网格"软件设计了两套方案。第一套完全没有任何外界参与,另一套则采用了与"寻找外星文明计划" ([email=SFTI@home]SFTI@home[/email])的科学实验相似的方式,即允许任何拥有联网电脑的志愿者参与模拟实验。每台联 网的电脑都将接收到模拟软件发出的数据,进而检验模拟实验中是否出现某种形式的生命组织。最后,程序将利用采集的信息生成参考常量。科学家将仅针对第一套 方案进行研究。
  科学界普遍认为,分子链在被膜包裹的液体中通过阳光的作用形成了最初的生命。"进化技术网格"通过虚拟的方式重现这一过程,并且利用大量微型处理器对可能发生的化学变化进行高速处理。
    除理解生命起源之外,科研人员还希望利用模拟软件获得其他知识,例如宇宙的哪些地方可能存在生命及其复杂程度。戴默认为,把"进化技术网格"软件运用到寻找外星文明计划中并利用天体生物学技术,就可以模拟其他星球的环境,进而确定是否可能出现生命物质。
    此外,戴默希望将来可以通过化学方式制造出模拟软件产生的虚拟生物。通过虚拟扫描仪将虚拟生命物质分解成基本的数字单位并转换到现实的化学实验中,然后在实验室里重组这些数字,创造出真实的生物。戴默还更大胆地设想,随着模拟软件的进一步发展,可以利用人工创造的网络生物占领其他星球,并把火星改造成适合人类居住的地方。

I think

这个项目的思路和策略和我对AI的思考是一致,当然这毫不奇怪,这是一个再自然不过的想法。目前需要更详细地了解项目的情况才好评论,初步的看法还是既有的考虑:

首先,最重要的部分在于对最基本的构成单元(该项目把最小单元设置在分子水平-应该是大分子水平)之间相互作用的机制的思考上,按上述介绍,该项目的依据是"分子动力学模拟器",为什么不再追索到比如原子级别的动力学以寻求更基本的相互作用机制?这等于是对整个宇宙的进化史作了一个切割并选择在分子阶段开始,很难说这一定不可行,但一则不够基本,二则由于不够基本,就高度依赖初始条件的设置(初始变量的设置),然而这些初始变量本身又是一些更基本的变量的函数,肯定不会是常数,那么系统进化的结果具有典型的复杂系统的特征-即常说的蝴蝶效应,结果对初始条件具有高度的敏感性。这使得需要探索的结果与地球生命诞生的实际进程存在巨大的差异。

第二,同样是一个普遍性的问题。如果没有额外引入的随机源,计算机(经典突灵机)能产生非决定性,非确定性的结果吗(这恰恰是生命现象的真实情况)--原则上应该是不行。

第三,关于计算机模拟的原则性问题--即计算机(经典突灵机)无法模拟量子力学所描述的物理实在,而分子水平的动力学机制本质上必然是量子力学的,那么这个"分子动力学模拟器"肯定是作了极大的近似处理,这种近似处理是以违反量子力学的原则为代价的,因而不能反映真实的世界。

第四,在探索AGI的类似的企图自下而上地构建、生成复杂系统的尝试最后的情形就是进化的停滞,这肯定不是技术性问题,一定有必然性的原因。

Follow up
一来要再仔细看项目的介绍,二来跟进后续的进展。

Posted at at 7/16/2009 on Thursday, July 16, 2009 by Posted by Paul | 0 comments Links to this post   | Filed under:

佛理的无理

佛经中包含许多似是而非,有些含混又有些悖论式的论证,然而逻辑上的不严谨不是要害。如《成唯识论》第一章"论破我执与法执",目的是论证我空,法空(anyway, 空空如也),这部分的论证能否成立直接决定了整个佛法的大厦能否撑起来,因而性命攸关,这里使用的逻辑是我们对自我与世界的认识需要透过八识,而既然八识都不成立(并非实在),那么我也就不是实在,就是空的,既然是空的,就无需执着于我了。

这里其实涉及的不是逻辑论证的问题,而是知识的问题,即佛教的思想是一种还原论的思想,这样一种思维方式在直到几十年前仍是不可超越的。

在没有现代系统论的知识以前,人类无法认识到系统与元素,整体与(组成整体的)个体之间的关系,准确地说是个体的规律与整体的规律之间的关系。佛理就是在这样的背景下,以还原论的思想分析人这样一种复杂系统的组成结构,透过论述组分的属性来断定系统的整体属性,这肯定是错误的,只是这种错误在以前是无法批驳的。

在这个方面,印度先贤和西方的思想家其实站在同一阵营,采用的是以分析为主的还原论思想,这与以易经的思想为根源发展起来的中国的思想体系截然不同,因易经包含的思想是一种整体论的思想。

因此,"唯识"的论断仅因为这个唯字已有问题了。相反,在思考世界本原的哲学问题上,中国的阴阳(虽然听起来很有些妖气)思想才可取,并且可以解释佛理中的"识"。说"可以解释"是因为中国的思想史中并不关心主客观之间的关系,因而几乎完全没有这方面的思考和论述,这大概是佛法能入侵中国文化土壤的重要原因之一。虽然没有现成的学说,但如果要建立,以阴阳的思想是完全足够的。

要强调一点是,即便佛理真的无理,作为一种宗教,一种精神体系,逻辑上的对错不是最重要的,如"直译"著者在前言中谈到"佛教界大德则认为语言文字是有局限的,终极真理是无法用语言文字表达的,所以,有些理论问题即使解决不了也没有什么关系,修证到一定的层次后自能明白。"这是理性与精神的区别吧。

Posted at at 4/01/2009 on Wednesday, April 01, 2009 by Posted by Paul | 0 comments Links to this post   | Filed under:

希望在中国?

连着看了几篇文章都显示对中国长期经济增长报以厚望,这其中当然包含了主观的愿望,因为找不到当今世界其他的增长可能。以中国的体制,达到各文中谈及的理想恐未必不能,集中力量干大事一向是中共所长,问题是经济数据上的强盛仍不可能带来人民最根本的幸福,在中国,国力的强盛是党的统治地位的表现,反过来又是继续奴役人民的动力。话又说回来,中国人是善于被奴役的,缺乏正义,平等和自由理念的愚民也是很容易感到幸福的。

Posted at at 3/14/2009 on Saturday, March 14, 2009 by Posted by Paul | 0 comments Links to this post   | Filed under:

No surprise - Our world may be a giant hologram

Our world may be a giant hologram

If this doesn't blow your socks off, then Hogan, who has just been appointed director of Fermilab's Center for Particle Astrophysics, has an even bigger shock in store: "If the GEO600 result is what I suspect it is, then we are all living in a giant cosmic hologram."

相关报道:
matrix 发表于 2009年1月17日 17时36分 星期六
来自非欧几何部门
德国的引力波探测器GEO600也许无意间获得了近半个世纪以来最重要的发现。令人他们头疼的神秘噪声或可用全息宇宙论观点去解释。 几年来,寻找引力波却一无所获的研究人员努力定位和消除试验中的干涉和噪声来源。几个月来,他们苦苦思考无法解释的噪声源。随后费米实验室粒子物理实验室 的物理学家Craig Hogan,接触了他们,提供了一个可能的答案,那就是:GEO600也许偶然发现了时空的根本性限制—时空停留点,不是如爱因斯坦所描述的光滑而连续, 而是分解成“粒状”—就像放大新闻照片时呈现的颗粒那样。Hogan称,如果GEO600所发现的就是他所推测的,那么人类其实就生活在一个巨大的宇宙全 息图中。Hogan的“全息原理(holographic principle)”认为宇宙在小尺寸上将是模糊的,它的最小尺寸要远大于普朗克长度(约10^(-35)米),可以被现有的设备如GEO600探测到。如果得到证实,它将驱除量子引力论,因为量子引力论无法合并到全息原理中。相反它会推动如弦论和矩阵理论的发展。但GEO600的首席科学家表示现在高兴还早


如果我的猜想没错,我们何止生活在2维世界,我们可能只是生活在1维空间里,更准确地说,其实时空都是幻觉。

Posted at at 3/11/2009 on Wednesday, March 11, 2009 by Posted by Paul | 0 comments Links to this post   | Filed under: ,

真实的美是如此生动

生动--应该用vivid这个词。

前天去广东美术馆看名为古典与唯美的展览,展览宣传材料的自我“吹捧”是“迄今为止广东举办的最高规格的欧洲古典绘画精品展“,无需评价什么规格,这次展览完全是超值的,在中国尤其是广东这样艺术贫乏的时代和地方,观看这样的展览就算再多几倍的价钱也仍然是超值的。

我对西方绘画的认识和印象几乎都停留在近20年前,不过,再过1000年也不会改变我们所欣赏到的艺术的美,那是永恒的。其中一些作品是那时就在画册上看过的,所以这是我首次亲眼目睹这些伟大的作品,那种美是震撼的,足以让人感动得流泪。

像我这样一些一天到晚透过电脑屏幕了解世界的,看到这些绘画才感受到那才是真实的艺术世界,一切是那样的生动和充满力量。

引用一篇博文

因为这几天我都在搜集资料,基本很多画作的简介都看过了,所以对很多画的背景资料还是比较清楚的。
不过当我站在《迷失的仙女》、《舞女》、《安提比斯》《克琳娜.达格尔的宁芙女神》、《瓦实提》、《战争》、《梨花》等等作品前面,真的是震撼住了。图片 和真迹的差别实在是太远了,平时在画册上观看油画,跟站在那些一百年前的画作面前,感觉是完全不一样的。零距离的接近它们强烈的美感,甚至能感觉到画中人 的呼吸,如此灵动逼真,才真正能够打动你的心灵。
以前本来就特别喜欢印象派的作品,这次竟然有莫奈,雷诺阿和高更的作品,实在难得,可惜太少,也很可惜参观的时间仍太短促。

不再贴一些参展作品的图片,因为看过原画后发现其他形式的展示都近乎是一种亵渎。
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Posted at at 1/31/2009 on Saturday, January 31, 2009 by Posted by Paul | 0 comments Links to this post   | Filed under:

已阅:What makes us human?


刚看完如题的BBC节目,其一提到人类发展中社区的合理成员数是150。另外,提到智慧的进化与一种ASPM的基因有关,而且当前部分约10%的人已经拥有新的变异的ASPM基因,这反映了进化可能比我们想象的要快,这情景很象X-MEN的主题。

Posted at at 1/24/2009 on Saturday, January 24, 2009 by Posted by Paul | 0 comments Links to this post   | Filed under:

读《成唯识论直译》

刚收到书,正在看前言,忽然想到一个问题,佛教中提出许多问题的分类并数量化,比如八颇为常见,然而这些分类缺乏严谨(如五行学说),数量上似乎是在凑数,反过来易经的64卦的生成却有完美和严谨的逻辑规则,因而如果要对事物进行分类,卦的生成方式更合理。

以前也曾想过以freemind做人类思想的路径图,这其实也是符合卦的生成方式的。

Posted at at 1/05/2009 on Monday, January 05, 2009 by Posted by Paul | 0 comments Links to this post   | Filed under: